在第二季中,新任神盾局局长Coulson和他的团队成了“通缉犯”,HYDRA组织仍在追杀他们,而且能够调动的资源已经非常有限,但那不会阻止他们继续为世界的和平与安全而战——毕竟已知的和未知的威胁仍然无处不在。
本季将解答许多第一季遗留的问题,包括:神盾局小组抓住了Ward,那意味着什么?Coulson和May之间的信任危机到底有何渊源?Coulson和May要如何修补他们之间的关系?Skye的父亲是谁,她的体内是否蕴藏着黑暗的力量?Coulson午夜在墙壁上雕刻的是什么符号,那对他来说意味着什么?处在昏迷状态中的Fitz何时能苏醒过来?即便他苏醒过来,他的大脑功能是否能完全恢复正常等等。